Nếu công ty đã trả lương, thù lao nhiều năm mà chưa nộp tờ khai khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và chưa quyết toán, thì phải nộp bù cả hai tầng: tờ khai khấu trừ theo từng kỳ (tháng hoặc quý) và tờ khai quyết toán năm của tổ chức trả thu nhập. Nghĩa vụ này là của công ty, không mất đi khi người lao động đã nghỉ.
Phần khó không nằm ở mẫu tờ khai mà ở chỗ dựng lại được ai nhận bao nhiêu, theo hợp đồng gì, có người phụ thuộc không — khi phần lớn những người đó đã đi. Và câu hỏi khó nói nhất: khoản thuế lẽ ra phải khấu trừ nhưng đã không khấu trừ thì bây giờ ai gánh.
Tồn đọng thuế TNCN thường lộ ra ở đâu
- Người lao động cũ xin chứng từ khấu trừ để tự quyết toán hoặc đề nghị hoàn thuế, công ty mới phát hiện chưa từng khai.
- Người lao động vay ngân hàng, cần xác nhận thu nhập, dữ liệu trên hệ thống thuế không có.
- Cơ quan thuế đối chiếu chi phí lương trên quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp với tờ khai thuế thu nhập cá nhân, hoặc với dữ liệu bảo hiểm xã hội, thấy không khớp.
- Công ty chuẩn bị đóng cửa hoặc khôi phục mã số thuế, rà lại danh sách nghĩa vụ và thấy các kỳ trống.
Cả bốn tình huống đều có người bên ngoài đang chờ. Việc gỡ vì vậy nên đi kèm liên lạc với người lao động, không chỉ làm việc với cơ quan thuế.
Dựng lại bảng lương từng năm
Không có bảng lương cũ thì dựng lại từ những gì còn lấy được:
- Sao kê ngân hàng phần chi lương, chi thù lao — nguồn đáng tin nhất về số tiền và thời điểm.
- Hợp đồng lao động, hợp đồng dịch vụ còn lưu, để xác định loại hợp đồng và thời hạn.
- Dữ liệu bảo hiểm xã hội của đơn vị: danh sách người tham gia, mức lương đóng theo từng thời kỳ.
- Chi phí lương đã ghi trên báo cáo tài chính và quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp các năm: tổng phải khớp với bảng dựng lại.
- Đăng ký người phụ thuộc của từng người (nếu có) và bản cam kết thu nhập thấp đã ký (nếu có).
Kết quả là một bảng theo năm, mỗi dòng một người: số định danh cá nhân (dùng thay mã số thuế cá nhân từ 1/7/2025, với các năm trước thì là mã số thuế cá nhân đã cấp), loại hợp đồng, tổng thu nhập chịu thuế từng tháng, số người phụ thuộc đã đăng ký.
Giả sử một xưởng nhỏ trong ba năm có tổng cộng 14 người từng nhận lương: 6 người ký hợp đồng một năm, 5 người làm theo mùa không ký hợp đồng, 3 người là thợ ngoài được trả theo từng việc. Sao kê cho thấy đủ các lần chi, nhưng chỉ còn giữ 4 hợp đồng. Khi đó bảng dựng lại cần thêm một cột “căn cứ phân loại” — hợp đồng còn lưu, dữ liệu bảo hiểm, hay xác nhận của chính người lao động — để khi được hỏi, công ty giải thích được vì sao xếp người đó vào nhóm này.
Phân loại người nhận thu nhập trước khi tính
| Nhóm | Cách khấu trừ | Ghi chú |
|---|---|---|
| Hợp đồng lao động từ 3 tháng trở lên | Theo biểu thuế luỹ tiến từng phần, sau giảm trừ gia cảnh | Mức giảm trừ và biểu thuế áp dụng theo quy định của từng năm; từ kỳ tính thuế 2026 giảm trừ bản thân 15,5 triệu đồng/tháng, người phụ thuộc 6,2 triệu đồng/tháng |
| Không ký hợp đồng lao động hoặc hợp đồng dưới 3 tháng | Khấu trừ 10% với khoản trả từ 2 triệu đồng/lần | Người có thu nhập thấp được làm cam kết theo mẫu tại thông tư hiện hành để tạm chưa khấu trừ |
| Người nước ngoài, cá nhân không cư trú | Theo quy định riêng cho cá nhân không cư trú | Cần xác định tình trạng cư trú từng năm |
Sai hay gặp nhất khi làm lại: áp mức giảm trừ gia cảnh năm 2026 cho các năm trước. Mỗi năm dùng mức của năm đó; tra văn bản áp dụng cho từng kỳ.
Nộp bù hai tầng tờ khai theo đúng thứ tự
- Xác định kỳ khai của công ty trong từng năm (tháng hay quý). Tổ chức trả thu nhập khai khấu trừ theo kỳ tương ứng với kỳ khai thuế GTGT của mình, trừ trường hợp không phát sinh khấu trừ theo quy định.
- Nộp bù tờ khai khấu trừ theo kỳ, từ kỳ cũ nhất. Kỳ có khấu trừ thì nộp tiền thuế tương ứng.
- Nộp tờ khai quyết toán năm của tổ chức trả thu nhập cho từng năm, kèm bảng kê chi tiết từng người. Tổ chức trả tiền lương, tiền công có nghĩa vụ khai quyết toán năm, kể cả năm không phát sinh khấu trừ.
- Đối chiếu tổng thu nhập trên quyết toán thuế thu nhập cá nhân với chi phí lương trên quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp cùng năm. Chênh lệch phải giải thích được.
Hạn quyết toán năm của tổ chức theo Luật Quản lý thuế là ngày cuối cùng tháng thứ 3 sau năm; tờ khai kỳ tháng hạn ngày 20 tháng sau, kỳ quý hạn ngày cuối cùng tháng đầu quý sau. Các kỳ tồn đều đã quá hạn, nên sẽ có phạt chậm nộp hồ sơ và tiền chậm nộp theo ngày trên số thuế nộp chậm.
Người đã nghỉ việc: chứng từ và thông báo
Người đã nghỉ thường không còn uỷ quyền quyết toán cho công ty cũ, nên họ sẽ tự quyết toán nếu thuộc diện phải quyết toán. Công ty cần giúp họ làm được việc đó:
- Cấp chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân cho từng người, từng năm có khấu trừ. Chứng từ khấu trừ hiện được lập ở dạng điện tử theo quy định về hoá đơn, chứng từ điện tử (từ 1/7/2026 là Nghị định 254/2026/NĐ-CP).
- Thông báo bằng văn bản hoặc thư điện tử cho người lao động cũ biết công ty đã khai bổ sung, số thu nhập và số thuế đã khai cho họ. Họ cần biết để đối chiếu trên ứng dụng thuế của chính mình.
- Lưu bằng chứng đã thông báo, kể cả với người không liên lạc được (thư gửi địa chỉ cuối cùng, tin nhắn không phản hồi).
Không nên tự ý khai thiếu thu nhập của người đã nghỉ “cho nhẹ” cho họ. Dữ liệu trên quyết toán của công ty phải khớp với chi phí lương công ty đã ghi nhận.
Khoản thuế lẽ ra phải khấu trừ nhưng đã không khấu trừ
Đây là câu hỏi khó nhất. Về nguyên tắc, thuế thu nhập cá nhân là nghĩa vụ của người có thu nhập, còn công ty là bên có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay. Khi công ty không khấu trừ:
- Công ty chịu trách nhiệm về việc không khấu trừ theo quy định về xử phạt và nộp thuế hiện hành.
- Việc đòi lại khoản tiền đó từ người lao động đã nghỉ là quan hệ dân sự giữa hai bên, thực tế rất khó.
- Nếu công ty quyết định tự gánh khoản thuế thay người lao động, số tiền công ty trả thay thường được coi là thêm thu nhập cho người đó, nên cách tính phải quy đổi lại — nên nhờ người chuyên môn tính cho đúng.
Cần cân nhắc chuyện này trước khi lập tờ khai, vì nó quyết định cách ghi số liệu và cách hạch toán trong sổ. Đừng để người lao động biết qua thông báo của cơ quan thuế trước khi công ty kịp nói chuyện với họ.
Tự kiểm tra ở đâu và những cái sai hay gặp
Nơi tự kiểm: tài khoản thuế điện tử của công ty (tờ khai khấu trừ, quyết toán đã nộp theo kỳ), cổng bảo hiểm xã hội của đơn vị (danh sách người lao động theo thời kỳ), và ứng dụng thuế trên điện thoại mà từng người lao động dùng để xem thu nhập công ty đã khai cho mình.
- Chỉ nộp tờ khai quyết toán năm, bỏ qua tờ khai kỳ. Hai tầng là hai nghĩa vụ riêng.
- Bỏ sót cộng tác viên, người làm thời vụ vì họ “không phải nhân viên”.
- Không đối chiếu với chi phí lương trên quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Tính người phụ thuộc chưa đăng ký cho các năm cũ. Người phụ thuộc phải được đăng ký theo quy định mới được giảm trừ.
Câu hỏi thường gặp
Công ty chưa bao giờ khấu trừ vì lương ai cũng thấp, có cần nộp tờ khai không?
Tổ chức trả tiền lương, tiền công vẫn phải khai quyết toán năm theo quy định, kể cả khi không phát sinh số thuế khấu trừ. Tờ khai kỳ thì có trường hợp không phải nộp khi không phát sinh khấu trừ; nên xem quy định hiện hành cho đúng kỳ của công ty.
Người lao động cũ không cung cấp số định danh thì khai thế nào?
Dùng thông tin còn lưu trong hồ sơ nhân sự, dữ liệu bảo hiểm xã hội hoặc mã số thuế cá nhân đã cấp trước đây. Trường hợp không xác định được, ghi nhận và hỏi cơ quan thuế quản lý cách kê khai phù hợp.
Có cần làm lại tờ khai cho người đã có cam kết thu nhập thấp không?
Nếu cam kết được lập đúng mẫu và người đó thật sự thuộc diện, công ty không khấu trừ nhưng vẫn phải kê khai thu nhập của họ trong quyết toán năm. Cam kết phải còn lưu để xuất trình khi được hỏi.
Người lao động đã tự quyết toán bằng số liệu khác, giờ công ty khai lại thì sao?
Hai bên sẽ bị lệch trên hệ thống. Công ty nên thông báo số liệu đã khai cho người đó để họ khai bổ sung quyết toán cá nhân nếu cần. Việc này tránh cho người lao động bị hỏi về chênh lệch sau này.
Nộp bù rồi có phải cấp lại chứng từ khấu trừ cho cả các năm cũ không?
Cấp cho những năm và những người có khấu trừ, khi họ cần để quyết toán hoặc hoàn thuế. Với người đã nghỉ, nên chủ động gửi thay vì chờ họ yêu cầu.
Tồn đọng thuế thu nhập cá nhân có ảnh hưởng tới quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp không?
Có thể. Chi phí tiền lương muốn được tính vào chi phí được trừ cần có hồ sơ đầy đủ, và việc khai thuế thu nhập cá nhân khớp với chi phí lương là một phần bằng chứng. Hai hồ sơ nên được xử lý cùng nhau.
