Đang được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp những năm đầu: việc vẫn phải khai, vẫn phải giữ

Doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm theo Nghị quyết 198/2025/QH15 vẫn phải làm gần như toàn bộ các việc thuế thông thường: khai và nộp thuế giá trị gia tăng, khấu trừ và khai thuế thu nhập cá nhân của người lao động, lập báo cáo tài chính, quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp trong đó tự xác định số thuế được miễn, và giữ hồ sơ chứng minh mình đủ điều kiện. Cái được miễn là số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, không phải nghĩa vụ kê khai.

Lý do cần làm kỹ: khoản miễn là do doanh nghiệp tự xác định trên hồ sơ. Nếu sau này bị kiểm tra và không chứng minh được điều kiện, hoặc sổ sách sai, số thuế được miễn có thể bị tính lại kèm tiền chậm nộp. Ba năm miễn thuế là ba năm để xây nền sổ sách, không phải ba năm được nghỉ.

Miễn cái gì, không miễn cái gì

Hiểu nhầm hay gặp nhất là coi “được miễn thuế” là miễn cả thuế giá trị gia tăng. Doanh nghiệp bán hàng thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng vẫn phải xuất hoá đơn có thuế suất và nộp phần chênh lệch như mọi doanh nghiệp khác.

Trường hợp của bạn thuộc nhóm nào

Những việc vẫn phải khai trong năm

1. Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng hoặc quý: hạn tháng là ngày 20 tháng sau, hạn quý là ngày cuối cùng tháng đầu quý sau theo Luật Quản lý thuế.
2. Tờ khai thuế thu nhập cá nhân khấu trừ tại nguồn nếu có trả lương, trả công. Khoản trả cho cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc hợp đồng dưới 3 tháng từ 2 triệu đồng/lần trở lên thì khấu trừ 10%, trừ khi người nhận đủ điều kiện làm cam kết.
3. Tạm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp: với doanh nghiệp đang được miễn, cách xử lý tạm nộp trong năm cần xem theo hướng dẫn hiện hành; đừng tự bỏ qua mà không tìm hiểu.
4. Quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm: hạn ngày cuối cùng tháng thứ 3 sau năm tài chính. Tờ khai quyết toán có phần doanh nghiệp tự xác định số thuế được miễn — đây là chỗ khoản miễn “hiện ra” trên hồ sơ.
5. Báo cáo tài chính năm nộp cùng quyết toán.

Năm đầu tiên thường là năm tài chính ngắn hoặc gộp — cách tính năm bắt đầu được miễn phụ thuộc quy định hướng dẫn; hỏi kế toán hoặc cơ quan thuế trước khi nộp quyết toán đầu tiên.

Những hồ sơ phải giữ để khoản miễn đứng vững

• Hồ sơ chứng minh là doanh nghiệp nhỏ và vừa: số lao động tham gia bảo hiểm bình quân, doanh thu hoặc tổng nguồn vốn theo tiêu chí của pháp luật hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa. Giữ bảng tính có nguồn số liệu, không chỉ con số cuối.
• Hồ sơ chứng minh là thành lập mới: giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, thông tin về người góp vốn, nguồn tài sản ban đầu. Nếu tài sản, khách hàng, nhân sự chuyển từ một cơ sở cũ sang, cần giải thích được.
• Sổ sách và chứng từ chi phí đầy đủ như doanh nghiệp đang nộp thuế: hoá đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho hoá đơn từ 5 triệu đồng.
• Tờ khai quyết toán và phụ lục ưu đãi từng năm, kèm thông báo chấp nhận.

Chứng từ kế toán dùng ghi sổ và lập báo cáo tài chính phải lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán — lâu hơn nhiều so với ba năm được miễn.

Vì sao chi phí vẫn phải đúng khi đang không phải nộp thuế

Nhiều doanh nghiệp nghĩ: đằng nào cũng được miễn, chi phí thiếu hoá đơn cũng không sao. Sai ở ba chỗ:

1. Lỗ của những năm được miễn có thể ảnh hưởng tới số thuế những năm sau, qua cơ chế chuyển lỗ theo quy định. Lỗ ghi sai thì năm sau tính sai.
2. Thuế giá trị gia tăng đầu vào vẫn cần hoá đơn hợp lệ và chứng từ thanh toán để được khấu trừ, không liên quan gì tới miễn thuế thu nhập doanh nghiệp.
3. Khi kiểm tra, nếu điều kiện miễn không đứng vững, số thuế thu nhập doanh nghiệp được tính lại dựa trên chính sổ sách những năm đó. Sổ sách càng lỏng, số tính lại càng bất lợi.

Ví dụ giả định: một công ty dịch vụ năm thứ hai có lãi 400 triệu đồng trên sổ, được miễn thuế. Giả sử ba năm sau bị kiểm tra và xác định không thuộc diện thành lập mới vì tiếp quản gần như nguyên vẹn một cơ sở cũ. Khi đó số thuế tính trên 400 triệu đồng của năm đó có thể phải nộp kèm tiền chậm nộp tính theo ngày. Nếu sổ còn có thêm chi phí thiếu chứng từ bị loại, phần lãi tính thuế còn tăng lên.

Chuẩn bị cho năm đầu tiên hết miễn

Thời gian miễn kết thúc theo lịch, nhưng thói quen sổ sách thì không tự thay đổi. Năm đầu phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp thường là năm doanh nghiệp bất ngờ nhất, vì ba năm trước chưa ai nhìn kỹ con số lãi. Sáu tháng trước khi hết miễn, nên làm mấy việc sau:

• Ước lãi năm tới từ sổ sách hiện có, áp thuế suất theo quy mô doanh thu (15%, 17% hoặc 20% theo Luật 67/2025/QH15) để biết khoản tiền phải để dành.
• Rà danh sách chi phí hay bị loại: chi không có hoá đơn, hoá đơn không mang tên công ty, chi cho việc riêng của chủ. Những khoản này trong thời gian miễn “không đau”, sang năm nộp thuế thì làm tăng số phải nộp.
• Chốt cách tạm nộp theo quý cho năm đầu nộp thuế, tránh dồn cả năm vào kỳ quyết toán.
• Kiểm lại hồ sơ chứng minh điều kiện của cả ba năm đã hưởng, vì khi kiểm tra, cơ quan thuế có thể xem lại cả giai đoạn được miễn.

Những cái sai hay gặp và tự kiểm tra ở đâu

• Không nộp quyết toán vì “được miễn rồi”. Không nộp là vi phạm về kê khai, và mất luôn chỗ để ghi nhận khoản miễn.
• Tự áp dụng miễn cho công ty tách ra từ công ty cũ mà chưa hỏi. Đây là nhóm dễ bị xác định lại nhất.
• Lập công ty mới khi hết ba năm để chuyển hoạt động sang và hưởng lại. Cơ quan thuế nhìn vào bản chất: cùng chủ, cùng khách, cùng tài sản, cùng nhân sự thì rủi ro truy thu rất cao.
• Không theo dõi quy mô khi công ty lớn nhanh, tiếp tục áp dụng khi đã không còn đủ điều kiện.

Tự kiểm ở tài khoản thuế điện tử (tờ khai quyết toán đã được chấp nhận, phần ưu đãi đã kê), cổng hoá đơn điện tử (doanh thu trên hoá đơn khớp doanh thu trên sổ), và hỏi cơ quan thuế quản lý khi trường hợp của mình không điển hình. Điều kiện chi tiết để được miễn được giải thích ở danh mục doanh nghiệp nhỏ, khởi nghiệp trên Miễn Thuế.