Cửa hàng trực tuyến đã lên công ty nhưng bỏ quên tờ khai: dựng lại doanh thu từ báo cáo sàn để nộp bù

Nếu cửa hàng trên sàn thương mại điện tử đã chuyển sang bán dưới tên công ty nhưng nhiều kỳ chưa nộp tờ khai, việc cần làm là dựng lại doanh thu từng kỳ từ báo cáo đối soát của sàn, đối chiếu với tiền sàn chuyển về tài khoản công ty và hoá đơn phí sàn, rồi nộp bù từ kỳ cũ nhất. Doanh thu phải khai là giá bán cho khách, không phải số tiền thực nhận sau khi sàn trừ phí.

Tình huống này rất hay gặp ở người bán lên công ty để bán được cho khách doanh nghiệp hoặc vào gian hàng chính hãng. Thói quen từ thời hộ kinh doanh — sàn khấu trừ, người bán không phải tự khai — bị mang sang công ty. Nhưng với công ty, không ai khai thay cả.

Vì sao công ty bán trên sàn hay quên tờ khai

Có ba nguyên nhân chồng lên nhau:

• Nhầm cơ chế: với hộ, cá nhân kinh doanh trên sàn, sàn có vai trò khấu trừ, nộp thay thuế theo quy định. Với công ty, nghĩa vụ khai và nộp là của chính công ty.
• Không có kế toán: chủ cửa hàng tự làm mọi việc, nghĩ rằng lên công ty chỉ là thay đổi tên trên gian hàng.
• Tiền về từ nhiều nguồn: sàn chuyển theo đợt, đơn vị vận chuyển chuyển tiền thu hộ, khách doanh nghiệp chuyển khoản trực tiếp. Không ai tổng hợp nên không ai thấy con số để khai.

Kết quả điển hình: công ty đã lập hoá đơn cho vài khách doanh nghiệp (vì họ đòi), nhưng phần lớn đơn bán lẻ trên sàn không có hoá đơn, và không có tờ khai nào được nộp sau tờ khai đầu tiên.

Bốn nguồn dữ liệu để dựng lại doanh thu

Nguyên tắc: báo cáo của sàn là nguồn chính cho doanh thu, sao kê là nguồn để kiểm tra chéo. Nếu chỉ dựng từ sao kê, doanh thu sẽ thấp hơn thực tế đúng bằng phần phí sàn đã trừ, và đó là lỗi phổ biến nhất.

Ví dụ giả định: dựng lại một quý

Giả sử trong một quý, báo cáo sàn của công ty cho các số liệu sau (chưa gồm thuế giá trị gia tăng, làm tròn):

Doanh thu dựng lại: 820 − 40 − 30 = 750 triệu. Kiểm tra chéo: 750 − 95 phí = 655, khớp với tiền về. Nếu con số không khớp, chênh lệch thường là đơn thuộc quý trước nhưng tiền về quý này, hoặc khoản sàn giữ lại để xử lý khiếu nại.

Cách xử lý khoản trợ giá của sàn trong ví dụ là cách hiểu phổ biến; điều kiện cụ thể phụ thuộc vào hợp đồng giữa công ty và sàn. Nếu hợp đồng ghi khác, nên hỏi cơ quan thuế quản lý bằng văn bản trước khi chốt số.

Phía chi phí: hàng nhập, hàng tặng kèm và kho gửi sàn

Dựng xong doanh thu mới là một nửa. Để tờ khai thuế giá trị gia tăng và quyết toán năm không lệch, phía chi phí cũng cần dựng lại theo cùng kỳ:

• Hàng mua vào: hoá đơn của nhà cung cấp trong nước lấy trên cổng hoá đơn điện tử; hàng nhập khẩu thì cần tờ khai hải quan và chứng từ nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu. Hàng mua trôi nổi không có chứng từ là chỗ yếu nhất của nhiều cửa hàng trực tuyến — không thể tạo chứng từ lùi lại, chỉ có thể ghi nhận đúng thực tế và chấp nhận phần chi phí không được trừ.
• Hàng tặng kèm, quà khuyến mại: vẫn là hàng xuất ra, cần theo dõi số lượng. Chương trình khuyến mại có điều kiện riêng về hoá đơn và giá tính thuế, nên xem kỹ quy định trước khi ghi nhận.
• Hàng gửi kho của sàn: hàng nằm ở kho sàn vẫn là tồn kho của công ty. Báo cáo tồn kho sàn cuối kỳ cần được lưu lại để khớp với sổ kho.
• Phí vận chuyển người bán chịu: có hoá đơn của đơn vị vận chuyển hoặc của sàn, tuỳ cách thu.

Một phép thử nhanh: lấy tổng hàng mua vào trong năm, cộng tồn đầu, trừ tồn cuối, so với giá vốn tương ứng doanh thu đã dựng. Chênh lệch lớn nghĩa là hoặc thiếu chứng từ mua, hoặc thiếu doanh thu.

Hoá đơn cho đơn bán lẻ chưa lập

Đây là phần khó nhất. Công ty bán hàng phải lập hoá đơn khi bán, kể cả với khách cá nhân không yêu cầu. Khi dựng lại, sẽ có rất nhiều đơn đã hoàn thành mà chưa có hoá đơn.

Hướng xử lý chung: khai đủ doanh thu theo báo cáo sàn cho từng kỳ, không phụ thuộc số hoá đơn đã lập; đồng thời xử lý phần hoá đơn chưa lập theo hướng dẫn hiện hành về hoá đơn, chứng từ điện tử (từ 1/7/2026 là Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC). Không lập hàng loạt hoá đơn lùi ngày để "cho khớp" — việc lập hoá đơn sai thời điểm có hệ quả riêng, nên hỏi cơ quan thuế về cách xử lý đúng với trường hợp của công ty.

Từ kỳ hiện tại trở đi, nên kết nối phần lập hoá đơn với dữ liệu đơn hàng để hoá đơn được lập khi đơn hoàn thành, thay vì dồn cuối tháng.

Nộp bù theo thứ tự nào

1. Lập bảng tồn đọng: kỳ nào thiếu tờ khai thuế giá trị gia tăng, thiếu báo cáo tài chính, quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm nào.
2. Dựng doanh thu, chi phí theo kỳ như ví dụ trên, bắt đầu từ kỳ cũ nhất.
3. Nộp tờ khai theo thời gian, kỳ nào phát sinh số thuế thì tính tiền chậm nộp từ ngày hết hạn của kỳ đó.
4. Nộp tiền thuế sớm nhất có thể để dừng tiền chậm nộp, kể cả khi chưa hoàn tất phần hoá đơn.
5. Lập báo cáo tài chính và quyết toán năm sau khi các kỳ trong năm đã khớp.

Công ty vừa lên từ hộ kinh doanh và doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng áp thuế suất thu nhập doanh nghiệp 15% theo Luật 67/2025/QH15, từ kỳ tính thuế 2025. Doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới còn có thể thuộc diện miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm theo Nghị quyết 198/2025/QH15 — nhưng miễn thuế không miễn nghĩa vụ khai. Tờ khai vẫn phải nộp đúng hạn.

Tự kiểm tra ở đâu và giữ nhịp từ nay

Để kiểm tra hiện trạng: tài khoản thuế điện tử cho biết tờ khai nào đã nộp; cổng hoá đơn điện tử cho biết hoá đơn đầu ra đã lập và hoá đơn phí sàn đã nhận; ứng dụng thuế trên điện thoại tiện để xem nhanh số còn phải nộp. Trên trang quản lý người bán của sàn, tải báo cáo đối soát theo tháng và lưu lại ngay, vì một số sàn chỉ cho tải lại dữ liệu trong một khoảng thời gian nhất định.

Nhịp tối thiểu từ nay: cuối mỗi tháng tải báo cáo sàn, đối chiếu với tiền về, tải hoá đơn phí sàn; cuối mỗi kỳ khai thì nộp tờ khai dựa trên bảng đã khớp. Nửa ngày mỗi tháng đủ cho một cửa hàng quy mô vừa.